W myśl założeń prezentowanych przez Ministerstwo Finansów, ogólny poziom opodatkowania przedsiębiorstw wydobywających gaz łupkowy nie powinien przekroczyć 40% zysku. Taki poziom opodatkowania ma spowodować, że obciążenia podatkowe w Polsce będą niższe niż w innych krajach, w których wydobywany jest gaz z łupków (Norwegia, Wielka Brytania), co powinno z jednej strony przyciągnąć zagranicznych inwestorów, a jednocześnie prawidłowo zabezpieczyć interesy polskiego budżetu.
Zgodnie z najnowszym projektem ustawy o specjalnym podatku węglowodorowymi,zmianie ustawy o podatku od wydobycia niektórych kopalin oraz zmianie niektórych innych ustaw, opublikowanym przez Ministerstwo Finansów w dniu 13 czerwca 2013r., nowe regulacje dotyczące opodatkowania powyższej działalności wejdą w życiew 2015 r. Co natomiast istotne, nowe podatki, to jest tzw. specjalny podatek węglowodorowy oraz podatek od wydobycia niektórych kopalń w zakresie wydobycia gazu ziemnego i ropy naftowej będzie pobierany dopiero począwszy od roku 2020.Ustawodawca zaniechał więc poboru podatku do czasu, kiedy powinny być znane bardziej wiarygodne dane dotyczące skali zasobów gazu łupkowego w naszym kraju.
Zobacz: Nota korygująca w przypadku zmiany adresu nabywcy
System opodatkowania wydobycia węglowodorów, w tym gazu łupkowego, ma opierać się na trzech instrumentach fiskalnych.
Pierwszym będzie nowo wprowadzony specjalny podatek węglowodorowy o stawce progresywnej od 0% do 25% podstawy opodatkowania, którą ma być zysk z działalności wydobywczej węglowodorów. Kalkulacja stawek podatkowych uzależniona będzie od tzw. wskaźnika R stanowiącego stosunek skumulowanych przychodów i wydatków kwalifikowanych (tj. najogólniej rzecz ujmując przychodów i wydatków związanych z działalnością polegającą na wydobywaniu węglowodorów). W piśmiennictwie podkreśla się, że zastosowanie tak skonstruowanej stawki progresywnej będzie niewątpliwie korzystne dla przedsiębiorców, gdyż odsunie w czasie moment zapłaty podatku, co będzie miało znaczenie w sytuacji ponoszenia znacznych nakładów w początkowym okresie projektu poszukiwawczo – wydobywczego.
Zobacz: Podatki i opłaty lokalne 2014
Drugim elementem systemu podatkowego będzie podatek od wydobycia niektórych kopalin, obliczany od wartości wydobytego gazu ziemnego, ustalonej w oparciu o średnią cenę tego surowca oraz odpowiedniej stawki podatku. W przypadku gazu ziemnego stawki podatku wynoszą 1,5% oraz 3%, i są uzależnione od rodzaju eksploatowanego złoża (jego przepuszczalności i porowatości).
Wreszcie trzecim elementem tego systemu będzie podatek dochodowy od osób prawnych według stawki 19%, czyli obowiązujący dziś podatek płacony przez przedsiębiorców.
Dodatkowo,przedsiębiorcy wydobywający gaz łupkowy będą oczywiście opodatkowani podatkiem od nieruchomości, zasilającym dochód gmin.
Zobacz: Podatki w samorządach - propozycje zmian systemowych