Podzielona płatność w jednostce budżetowej

Problem: Jestem księgową w niewielkiej oświatowej samorządowej jednostce budżetowej. Wystawiam w ciągu miesiąca dwie faktury - jedną za wynajem pomieszczenia (dochody budżetowe) i drugą za media w tym pomieszczeniu (dochody własne jednostki). VAT z tych faktur miesięcznie nie przekracza 150 zł i jest w całości odprowadzany do urzędu marszałkowskiego (centralizacja VAT). Nie korzystamy z odliczenia VAT.