Z dniem 1 stycznia 2017 r. zaczynają obowiązywać przepisy dotyczące centralizacji rozliczeń VAT w sektorze publicznym. Czy w związku z tym, gmina, która będzie w przyszłym roku dokonywała odliczeń VAT od zakupów związanych wyłącznie z działalnością polegającą na dostawie wody oraz odbioru i oczyszczania ścieków, będzie musiała stosować przepisy o sposobie określenia proporcji (tzw. prewspółczynnika) w odniesieniu do tych zakupów, czy też przepisy te nie będą miały zastosowania, bo zakupy te nie będą wykorzystywane do działalności innej niż działalność gospodarcza gminy?
Przyjęcie faktur przez dłużnika i ich zaksięgowanie, zdaniem części sądów, stanowić może potwierdzenie pewnego zdarzenia cywilnoprawnego – stworzenie domniemania dokonania czynności prawnych wynikających z treści faktur oraz zaistnienia obowiązku zapłaty za wykonaną umowę. Kłam temu twierdzeniu zadał jednak Sąd Najwyższy, który potwierdził, że faktura VAT jest dokumentem prywatnym, a nie urzędowym. Przepisy podatkowe także nie nadają fakturom VAT szczególnej mocy dowodowej.