Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z dnia 6 marca 2014 r. stwierdził, iż hala namiotowa nie podlega opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości, albowiem jako tymczasowy obiekt budowlany, który nie jest trwale połączony z gruntem, nie może zostać zaliczona do budowli w rozumieniu art. 3 pkt 3 ustawy - Prawo budowlane, a tym samym do budowli w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 2 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych.