Nadpłaty podatku (a także traktowane na równi z nimi zwroty VAT bądź nadwyżki VAT) w pewnych sytuacjach podlegają oprocentowaniu. Zasady naliczania oprocentowania, a przede wszystkim termin, od którego odsetki są naliczane, są różne w zależności od charakteru nadpłaty. W kontekście jednostek samorządu terytorialnego należy zwrócić w tym zakresie uwagę na jeden z ostatnich wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego, który jest wyrazem stabilizującej się linii orzeczniczej, a który rozstrzyga na korzyść gmin o zasadach oprocentowania nadpłat powstałych w związku z tzw. centralizacją.
Ministerstwo Finansów zmieniło stanowisko dotyczące centralizacji rozliczeń, uznając, że Powiatowy Urząd Pracy, jako jednostka budżetowa stanowiąca administrację zespoloną, nie podlega centralizacji rozliczeń w powiecie w zakresie podatku VAT. Wobec czego w procesie centralizacji rozliczeń, wdrażanym w powiecie od 1 stycznia 2017 r., nie należy uwzględniać Powiatowego Urzędu Pracy.
Z dniem 1 stycznia 2017 r. zaczynają obowiązywać przepisy dotyczące centralizacji rozliczeń VAT w sektorze publicznym. Czy w związku z tym, gmina, która będzie w przyszłym roku dokonywała odliczeń VAT od zakupów związanych wyłącznie z działalnością polegającą na dostawie wody oraz odbioru i oczyszczania ścieków, będzie musiała stosować przepisy o sposobie określenia proporcji (tzw. prewspółczynnika) w odniesieniu do tych zakupów, czy też przepisy te nie będą miały zastosowania, bo zakupy te nie będą wykorzystywane do działalności innej niż działalność gospodarcza gminy?