Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Minister Finansów wydał interpretację ogólną, która określa termin, od którego jednostki sektora finansów publicznych powinny stosować nowe obowiązki, wynikające z wprowadzenia Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Zgodnie z interpretacją do podmiotów, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy prowadzącego księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, należy odpowiednio zastosować okres przejściowy, jaki został przewidziany dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Jak wynika z prezydenckiego projektu nowelizacji ustawy o PIT, który został złożony w Sejmie, zmiany miałyby wejść w życie już za niecały miesiąc, czyli od 1 stycznia 2016 r. Jak przyznał jednak w rozmowie z DGP Henryk Kowalczyk, minister w kancelarii premiera, termin ten zostanie najprawdopodobniej przesunięty na 1 stycznia 2017 r. Niezależnie od tej daty bez reformy systemu dochodów jednostek samorządu terytorialnego, część gmin będzie mieć problemy z domknięciem swoich budżetów.