Ani ze szczególnych zasad rachunkowości, ani z opisów kont syntetycznych nie wynikają żadne wskazówki, że ewidencja operacji związanych z rozliczeniem VAT przez jednostkę samorządu terytorialnego powinna być prowadzona w ewidencji budżetu, ale należy przyjąć, że rozliczenia gmin, powiatów i województw z urzędami skarbowymi powinny być ujmowane w księgach rachunkowych budżetów tych jednostek.
Z dniem 1 stycznia 2017 r. zaczynają obowiązywać przepisy dotyczące centralizacji rozliczeń VAT w sektorze publicznym. Czy w związku z tym, gmina, która będzie w przyszłym roku dokonywała odliczeń VAT od zakupów związanych wyłącznie z działalnością polegającą na dostawie wody oraz odbioru i oczyszczania ścieków, będzie musiała stosować przepisy o sposobie określenia proporcji (tzw. prewspółczynnika) w odniesieniu do tych zakupów, czy też przepisy te nie będą miały zastosowania, bo zakupy te nie będą wykorzystywane do działalności innej niż działalność gospodarcza gminy?
Minister Finansów wydał interpretację ogólną, która określa termin, od którego jednostki sektora finansów publicznych powinny stosować nowe obowiązki, wynikające z wprowadzenia Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Zgodnie z interpretacją do podmiotów, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy prowadzącego księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, należy odpowiednio zastosować okres przejściowy, jaki został przewidziany dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Przyjęcie faktur przez dłużnika i ich zaksięgowanie, zdaniem części sądów, stanowić może potwierdzenie pewnego zdarzenia cywilnoprawnego – stworzenie domniemania dokonania czynności prawnych wynikających z treści faktur oraz zaistnienia obowiązku zapłaty za wykonaną umowę. Kłam temu twierdzeniu zadał jednak Sąd Najwyższy, który potwierdził, że faktura VAT jest dokumentem prywatnym, a nie urzędowym. Przepisy podatkowe także nie nadają fakturom VAT szczególnej mocy dowodowej.