Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Jak wynika z prezydenckiego projektu nowelizacji ustawy o PIT, który został złożony w Sejmie, zmiany miałyby wejść w życie już za niecały miesiąc, czyli od 1 stycznia 2016 r. Jak przyznał jednak w rozmowie z DGP Henryk Kowalczyk, minister w kancelarii premiera, termin ten zostanie najprawdopodobniej przesunięty na 1 stycznia 2017 r. Niezależnie od tej daty bez reformy systemu dochodów jednostek samorządu terytorialnego, część gmin będzie mieć problemy z domknięciem swoich budżetów.
Przyjęcie faktur przez dłużnika i ich zaksięgowanie, zdaniem części sądów, stanowić może potwierdzenie pewnego zdarzenia cywilnoprawnego – stworzenie domniemania dokonania czynności prawnych wynikających z treści faktur oraz zaistnienia obowiązku zapłaty za wykonaną umowę. Kłam temu twierdzeniu zadał jednak Sąd Najwyższy, który potwierdził, że faktura VAT jest dokumentem prywatnym, a nie urzędowym. Przepisy podatkowe także nie nadają fakturom VAT szczególnej mocy dowodowej.