Ani ze szczególnych zasad rachunkowości, ani z opisów kont syntetycznych nie wynikają żadne wskazówki, że ewidencja operacji związanych z rozliczeniem VAT przez jednostkę samorządu terytorialnego powinna być prowadzona w ewidencji budżetu, ale należy przyjąć, że rozliczenia gmin, powiatów i województw z urzędami skarbowymi powinny być ujmowane w księgach rachunkowych budżetów tych jednostek.
W świetle wyroku trybunału należy scentralizować rozliczenia VAT gminy i jej jednostek. Na tej podstawie trzeba złożyć korekty deklaracji VAT za okresy przeszłe i tam, gdzie jest prawna możliwość odliczenia podatku, należy go odliczyć. Ponadto trzeba zbadać, czy zwrócić do UE wydatek kwalifikowany w postaci odpowiedniej części podatku VAT - twierdz Agnieszka Bieńkowska, doradca podatkowy, partner w MDDP.
Przyjęcie faktur przez dłużnika i ich zaksięgowanie, zdaniem części sądów, stanowić może potwierdzenie pewnego zdarzenia cywilnoprawnego – stworzenie domniemania dokonania czynności prawnych wynikających z treści faktur oraz zaistnienia obowiązku zapłaty za wykonaną umowę. Kłam temu twierdzeniu zadał jednak Sąd Najwyższy, który potwierdził, że faktura VAT jest dokumentem prywatnym, a nie urzędowym. Przepisy podatkowe także nie nadają fakturom VAT szczególnej mocy dowodowej.